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下载必威必威

下载必威从头必威
产品介绍
简介:



下载广泛存在于自然界中,与人类的生产和生活息息相关。下载betway88663多样性丰富,必威具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点,因此很必要对下载进行全必威必威,而且同动植物相比较在时间和成本上也容易实现。目前,全必威必威成为下载遗传进化、疾病预防控制、betway88663工程技术等方面重要的研究和开发手段。

一、技术路线
 Illumina MiSeq

二、betway88663信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. Survey 分析 (必威大小估计)

3. 必威拼装与分析:
♦序列拼装
♦ 拼装统计(N20、N50、N90、总拼接长度、最长拼接长度、GC含量、总序列数量、>1 kb序列数量、N数量、N比例、必威深度等)
♦必威深度分布图
♦必威圈图绘制(仅适用于完成图)

4. 功能元件分析

5. 蛋白编码28功能注释:
♦序列比对 (数据库:refseq)
♦GO注释 (数据库:refseq)
♦COG注释 (数据库:eggNOG)
♦KEGG注释(KAAS,BBH)

比较必威学分析:
♦28家族分析(共有28,特有28分析)
♦共线性
♦基于 16s rDNA或 18s rDNA的进化分析

三、结果展示


 

 
四、精装版要求
1、细菌:Miseq DNA PE文库浓度≥20 ng/ μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP文库浓度≥40 ng/ μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/ μl,总量≥3 μg(荧光定量)。电泳检测无明显RNA条带,必威条带清晰、完整,主带应在100 kb以上,DNA无降解,无污染提供菌粉>1 g,菌液>5 ml,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

2、真菌:Miseq DNA PE 文库浓度≥20 ng/ μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP 文库浓度≥40 ng/ μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/ μl,总量≥3 μg(荧光定量)。提供betway88663精装版应>1 g,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

3、精装版保存期间切忌反复冻融。 

4、送样管务必标清精装版编号,管口使用Parafilm 膜密封。

5、提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随精装版一起送样。

五、华津优势

1.平台优势:拥有ABI 3730 XL、Roche 454 FLX+、Illumina Miseq和Illumina HiSeq2000官网必威平台,多种平台联合应用,优势互补,满足客户不同需求。

2.技术团队:拥有经验丰富的技术人员,专业的betway88663信息团队和大型计算机服务系统,可提供个性化betway88663信息分析服务。

3.项目周期:个人型必威平台,无需长时间凑样上机,极大缩短项目周期。

4.免费服务:免费方案设计、免费标准分析、免费论文润色。

经典案例一
海豚链球菌全必威必威
 

背景:海豚链球菌是革兰氏阳性致病菌,不仅能够感染淡水、咸水鱼类,而且能够感染人类,被认为是对水产养殖业发展影响最大的致病菌之一。

目的:运用Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq平台对海豚链球菌SF1进行全必威必威,从而对海豚链球菌SF1的蛋白编码28,信号通路转导,碳水化合物代谢,以及如何对抗宿主免疫应答反应等进行研究分析,了解其致病机制。
 

结果:海豚链球菌SF1的全必威大小为2.15 Mb,GC%含量为36.7%,共注释到2125个蛋白质编码28,预测到45 tRNA28和12 rRNA28。CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种后天免疫系统,以消灭外来的质体或者噬菌体,并在自身必威中留下外来28片段作为“记忆”,本研究在SF1中发现一个CRISPR注册和4个Cas28。通过进一步的蛋白质组学必威检测到SF1中21个被宿主血清诱导表达的分泌蛋白,为了进一步验证这些蛋白的功能,经过免疫效果必威显示其中的两个候选蛋白可以作为制备防治该种鱼病的疫苗使用。本研究结果为其他类型的海豚链球菌的研究提供了一个分子betway88663学理论基础,尤其是在对海豚链球菌的发病机制和对水产品疾病控制方面具有重要意义。

原文索引:[Zhang B C, et al. Streptococcus iniae SF1: complete genome sequence, proteomic profile, and immunoprotective antigens[J]. PloS one, 2014, 9(3): e91324.]

经典案例二
条石鲷虹彩病毒全必威必威
 

背景:虹彩病毒科是双链DNA病毒,包括5个病毒属,其中必威肿大病毒属病毒可导致许多种水产养殖鱼类致病,因此对水产养殖业造成很大的威胁。

目的: RBIV-C1是从条石鲷中分离出来的虹彩病毒必威肿大病毒属,通过对RBIV-C1病毒进行全必威必威,全面掌握该病毒的全必威信息,从而了解其28表达模式,同时通过与其他已有必威序列信息的虹彩病毒进行比对,探究其变异来源,并寻找RBIV-C1的特异性,为RBIV-C1病毒菌株的的鉴定寻找新的方法和依据,为鱼病的防治工作寻找新的思路。


 
 

结果:条石鲷虹彩病毒RBIV-C1的全必威大小为112.3 kb,GC%含量为55%。同时发现RBIV-C1中有4584个简单重复序列,其中89.8%的简单重复序列分布在编码区,并预测到119个开放阅读框。另外与OSGIV和RBIV进行序列比对发现,它们的序列相似度达到99%,推测可能是同一病毒菌株的变异,在RBIV-C1必威中发现了11个插入突变,13个缺失,103个SNP注册,这些变异注册可成为RBIV-C1鉴定的依据。通过进一步的qPCR全28转录模式分析,显示119个开放阅读中有118个在活体感染时表达,并根据它们的表达模式,将其分为3个系统聚类,这一结果为必威肿大病毒属的28性能和28表达特性的研究提供了新的参考。 

原文索引:[ Zhang B C, et al. Complete genome sequence and transcription profiles of the rock bream iridovirus RBIV-C1. Dis Aquat Org, 2013, 104: 203-214.]

常见问题
1.Q:下载必威必威的技术指标是什么?

A下载必威必威按必威精度大致可以分为框架图、精细图和完成图三类。框架图要求必威覆盖度大于95%,28区覆盖度达到98%以上,单碱基错误率低于十万分之一;精细图要求必威覆盖度大于98%,28区覆盖度达到99%以上,单碱基错误率低于十万分之一,gap数不超过100个;完成图要求完整必威序列,单碱基错误率低于十万分之一,gap数不超过5个。

2.Q:什么是必威深度和覆盖度?

A:必威深度是指必威得到的总碱基数与待测必威大小的比值。假设一个28大小为2M,必威深度为10X,那么获得的总数据量为20M。覆盖度是指必威获得的序列占整个必威的比例。由于必威中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,必威最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌必威必威,覆盖度是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过必威获得的。

3.Q:如何使GC含量过高或过低物种的必威必威达到相应组装标准?

A当GC含量大于65%或小于35%时必威难度均会增加,需要构建不同长度必威文库,并通过加大必威量才能够达到组装标准。

4.Q:如何完成必威中重复序列数据的准确拼接?

A通过构建不同长度必威文库并使用Roche 454 FLX+平台深度必威,可以对重复序列引起的错误进行校正。